Questa chiesa, dedicata a San Francesco, è stata costruita dopo la distruzione della Chiesa di San Francesco fuori le mura, avvenuta durante la guerra di Chioggia.
Nel 1385, quindi, all’interno delle mura della città, fu costruita questa meravigliosa chiesa che ospitò, nel convento adiacente, i frati minori. La chiesa esterna alle mura della città fu ricostruita successivamente, nel 1434, e i frati vi si trasferirono. Dal 1515, seguendo gli ordini di papa Leone X, alcune madri benedettine si spostarono dal convento di S. Caterina di Chioggia a quello di S. Francesco dentro le mura, che era rimasto temporaneamente vuoto.
All’interno si possono trovare opere d’arte di alto livello, che sono state recentemente restaurate come le tele: “S. Francesco d’Assisi in estasi” del sec. XVIII e un “S. Francesco d’Assisi con la croce” (sec. XVII) attribuita a Van Dyck.
